Python: Bioinformatics Sequenzanalyse Alignment Algorithmen

Bioinformatik: Grundlagen der modernen Bioinformatik theoretisch & praktisch in Python - Für Beruf und Studium

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Description

Dieser Kurs bringt dir die Grundlagen aller modernen Alignment-Algorithmen bei.

Du wirst dabei ausführlich die Theorie und die praktische Umsetzung in Python lernen.


Viele moderne Tools wie zum Beispiel BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) nutzen die grundlegenden Funktionen der hier vorgestellten Algorithmen. So basiert BLAST beispielsweise auf dem hier vorgestellten Smith-Waterman-Algorithmus.


Für diesen Kurs werden lediglich grundlegende Python-Kenntnisse benötigt!

Kenntnisse des Moduls NumPy sind nützlich, jedoch nicht zwingend notwendig.

Du benötigst keine Kenntnisse über Bioinformatik! Dieser Kurs bringt dir die erforderlichen Grundlagen der Sequenzanalysen bei.


Was dieser Kurs dir bietet:

  • Hilfe bei der Einrichtung einer funktionierenden Python Entwicklungs-Umgebung auf allen gängigen Betriebssystemen

  • Grundlagen der Sequenzanalyse

  • Globale Alignments

  • Lokale Alignments

  • Multiple Sequenz Alignments

  • Assemblierungs-Algorithmen

  • Quizze und Übungsaufgaben, um dein Wissen zu testen


Algorithmen:

  • Needleman-Wunsch-Algorithmus

  • Freeshift Alignment / Semiglobales Alignment / End-Gap Free Alignment

  • Smith-Waterman-Algorithmus

  • Multiples Sequenz-Alignment

  • De novo Assembly

  • Mapping Assembly


Du lernst hier die Theorie und die praktische Umsetzung in Python.

Dieser Kurs ist ideal für dich, wenn du dich für Bioinformatik interessierst!

Die gezeigten Inhalte sind typische Studieninhalte und werden dir weiterhelfen, wenn du diese Fachrichtung studierst!

Dieser Fachbereich gewinnt einen immer größeren Stellenwert in der modernen Forschung und Medizin.

Typische Anwendungsfelder sind:

  • Ahnenforschung

  • Erkennung von genetischen Erkrankungen

  • Spurensicherung und -auswertung in der Kriminalistik

  • Früherkennung neuer Krankheiten

  • Vieles mehr


Ziel dieses Kurses ist es, dir einen idealen Einstieg in den Wissenschaftsbereich Bioinformatik zu geben.

What You Will Learn!

  • Grundlagen der Sequenzanalyse in der Bioinformatik
  • Ausführliche Theorie aller vorgestellten Alignment-Algorithmen
  • Implementierung aller vorgestellten Algorithmen in Python
  • Installation und Einrichtung von Python auf allen gängigen Betriebssystemen
  • Installation und Einrichtung von Visual Studio Code für Python-Entwicklung
  • Needleman-Wunsch-Algorithmus
  • Freeshift Alignment / Semiglobales Alignment / End-Gap Free Alignment
  • Smith-Waterman-Algorithmus
  • Multiples Sequenz-Alignment
  • De novo Assembly
  • Mapping Assembly

Who Should Attend!

  • Python-Entwickler mit Anfängerkenntnissen, die sich für Bioinformatik interessieren